1台目に内蔵カメラ(純正カメラ)を接続し、動作している状態から、USBカメラを追加してカメラを2台同時使えるようにします。

各カメラの割り当です。
/dev/video0 : 内蔵(純正)カメラ = カメラ1
/dev/video1 : USBカメラ = カメラ2

カメラが1台の場合は、/etc/motion/motion.conf にカメラの設定も入っていますが、2台以上の場合は共通の設定と各カメラの設定に分けます。
/etc/motionの下に、各設定ファイルを置きます。
motion.conf : 共通の設定
thread1.conf : カメラ1の設定
thread2.conf : カメラ2の設定

motion.confの設定

motion.confをthread1.confにコピーしておきます。
# cp motion.conf thread1.conf

motionのカメラ設定部分を削除し、カメラ設定はthread1.confから読み込むように設定します。
# vim /etc/motion/motion.conf

上記(このコメントを含めて削除する)から

の直前まで(このコメントを含めては削除しない)を削除します。

コメントを外します。

thread1.confの設定

motion.confからコピーしたthread1.confを編集します。
# vim /etc/motion/thread1.conf

先頭の行から

の直前までを削除します。(このコメントは削除しない)

カメラ毎に出力されるファイル名がつけられるよう、設定します。
# vim thread1.conf

# vim thread1.conf

snapshot_filename time_pic を
snapshot_filename time_pic1 に変更(ファイル名は任意)。

picture_filename motion_pic を
picture_filename motion_pic1 に変更(ファイル名は任意)。

他、動画ファイル等も記録しているのでしたら、識別できるようファイル名を設定します。
ここまでで再起動し、カメラ1台設定の時と同じ動作をするか、確認しておきましょう。
# systemctl restart motion

2台目のカメラの設定

thread1.confをthread2にコピーします。
# cp thread1.conf thread2.conf

thread2.confを編集します。
ここでは出力されるファイル名のみ変更しますが、解像度や動体検知の感度等、カメラ毎に設定できます。
# vim thread2.conf

snapshot_filename time_pic1 を
snapshot_filename time_pic2 に変更(ファイル名は任意)。

picture_filename motion_pic1 を
picture_filename motion_pic2 に変更(ファイル名は任意)。

thread1.confに同じく、動画ファイル等も記録しているのでしたら、識別できるようファイル名を設定します。

motion.confの設定

# vim motion.conf

# thread /etc/motion/thread2.conf
コメントを外します。
thread /etc/motion/thread2.conf

USBカメラの接続

USBカメラをUSB端子に挿します。特に再起動せずに認識するはずです。
# dmesgコマンドで確認してみましょう。

下記は例ですが、このようにUSBカメラが認識されていれば利用できます。
[ 1546.175077] usb 1-1.2: new high-speed USB device number 5 using dwc_otg
[ 1546.315196] usb 1-1.2: New USB device found, idVendor=056e, idProduct=7016
[ 1546.315212] usb 1-1.2: New USB device strings: Mfr=1, Product=2, SerialNumber=0
[ 1546.315219] usb 1-1.2: Product: UCAM-C0220F
[ 1546.315227] usb 1-1.2: Manufacturer: Etron Technology, Inc.

動作の確認

再起動し、カメラ2台動作で動作しているか、確認してみましょう。
# systemctl restart motion

/var/image の下に、各画像ファイルができていれば動作しています。
ファイルができるには、設定した時間待ったり、カメラの前で動いてみたりする必要があります。
# ls /var/image

motion_pic1.jpg
motion_pic2.jpg
time_pic1.jpg
time_pic2.jpg