sshサーバとクライアントをインストール。

$ sudo apt-get install ssh

デフォルトではrootでのログインが有効になっています。
sshでデータ移行等終わってから、外部に公開する前にrootでのログインを禁止しておきましょう。

rootでログインできないようにする設定

/etc/ssh/sshd_configの設定。(ssh_configとsshd_configがあるので注意)

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# Authentication:
LoginGraceTime 120
PermitRootLogin yes
StrictModes yes
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PermitRootLoginはrootでのログインを許すかという設定です。これをNoにするとrootでのログインを禁止できます。

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PermitRootLogin No
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起動します。

$ sudo /etc/init.d/ssh start

MS-WINDOWSからのsshでの接続

poderosaをおすすめします。

http://ja.poderosa.org/